Der wichtigste Altarkomplex des Apollon-Heiligtums ist dem Schutzgott gewidmet und befindet sich ungefähr in der Mitte der unteren Terrasse. Der älteste Altar ist mit dem I. Apollonion verbunden. Der Altar befindet sich vor der Vorderseite des Tempels, folgt aber nicht dessen Ausrichtung und ist nicht perfekt auf ihn abgestimmt. Die Struktur besteht aus einer langen, schmalen Mensa mit einer Api-Plattform im Westen, der Prothysis. Gegen Ende des 6. Jahrhunderts v. Chr., als der ursprüngliche Oikos um eine Peristasis erweitert wurde, wurde westlich des ersten Altars ein neuer Altar errichtet.