Una escalera erigida en la esquina suroeste del Templo de Apolo conduce a la Cueva Oracular de Apolo Pitio. Consta de una cámara unitaria con una tripartición en el fondo y un mostrador tallado en la pared oriental. Durante el siglo III d.C., la caverna fue adaptada como mitreo. A finales de la Antigüedad, el hipogeo se transformó en el ninfeo de una casa señorial privada.