El templo de Isis se erigió inmediatamente al sur del templo de Apolo, y se adosó en parte al mismo muro de terrazas que la fuente de Filotales. La planta rectangular es más ancha en fachada que en profundidad, con pequeños ortostatos en la parte inferior, un marco interno que divide zócalo y muro, y mampostería isodómica en la última parte.