L'ensemble d'autels le plus important du sanctuaire d'Apollon appartient au dieu patron et se trouve à peu près au centre de la terrasse inférieure. L'autel le plus ancien est lié au I Apollonion. Placé devant la façade du temple, l'autel ne suit pas son orientation et n'est pas parfaitement aligné avec elle. La structure consiste en une mensa longue et étroite avec une plate-forme api à l'ouest, la prothysis. Vers la fin du VIe siècle avant J.-C., lorsqu'une péristasis a été ajoutée à l'oikos primitif, un nouvel autel a été érigé à l'ouest du premier.