Un escalier érigé à l'angle sud-ouest du temple d'Apollon mène à la grotte oraculaire d'Apollon Pythius. Il s'agit d'une chambre unitaire avec une tripartition au fond et un comptoir sculpté dans le mur oriental. Au cours du IIIe siècle après J.-C., la caverne a été transformée en Mithraeum. Dans l'Antiquité tardive, l'hypogée a été transformé en nymphée d'une résidence privée.