Il complesso di altari più importante del Santuario di Apollo appartiene al dio tutelare e si trova all'incirca al centro della Terrazza Inferiore. L'altare più antico è connesso con il I Apollonion. Posto davanti alla fronte del tempio, l'altare non ne segue l'orientamento e non è perfettamente in assi con esso. La struttura consta di una mensa stretta e lunga con un apiattaforma a ovest, la prothysis. Verso la fine del VI secolo a.C, quando al primitivo oikos fu aggiunta una peristasi, fu eretto un nuovo altare a ovest del primo.